Bithynia ve Mysia bölgesinde bulunmuş, MÖ 3000 yılından Bizans dönemi sonuna kadar devirlere ait ele geçen buluntular, 1904 yılından itibaren Bursa İdadi-i Mülkîsi'nin (Bursa Erkek Lisesi) bir bölümünde toplanmaya başlandı. Sultan II. Abdülhamit'in tahta çıkış yıldönümü olan 1 Eylül 1904'te, Bursa Maarif Müdürü Azmi Bey'in (Akalın) çabaları ve valilik onayı ile lise binasının bir bölümünde Müze-i Hümâyun'un şubesi açıldı.[1] Müzenin ilk kataloğu Fransız arkeolog Gustav Mandel tarafından hazırlandı. 1908 yılında basılan bu Fransızca katalog, 189 sayfadan oluşmaktaydı.

   Müzeyi 1929'a değin içinde bulunduğu lisenin ilgilileri tarafından yönetildi. 1929'da lisedeki yapıtlar Yeşil Medrese'ye taşındı ve 8 Nisan 1930'dan itibaren bu yeni yerinde sergilenmeye başladı.

   Müze, 1972 yılında mimar Ertem Yücel'in projesi uyarınca Bursa Kültürpark içinde inşa edilen yeni binaya taşındı 15 Temmuz 1972'de ziyarete açıldı.

   Müzenin MÖ 650 yılından MS 1453'e kadar ikibin yılık döneme ait sikkelerden oluşan “sikke teşhir kataloğu” 2007 yılında, Türkçe- İngilizce olarak arkeolog Recep Okçu tarafından hazırlandı.

   2010-2013 arasında restorasyon nedeniyle kapalı bulunan müze, Mayıs 2013'te yeniden ziyarete açılmıştır.

   Bursa Müzesi, 19 Ağustos 1902 tarihinde dönemin Milli Eğitim Müdürü Azmi Bey’in gayreti ile Müze-i Hümayun Umum Müdürlüğü’nün bir şubesi olarak Bursa Erkek Lisesi’nin bir bölümünde kurulmuştur. 1930 yılına kadar bu statü ile faaliyetlerini sürdürmüş, bu tarihte Müdürlük haline getirilerek Yeşil’deki Çelebi Sultan Mehmet’in yaptırdığı Yeşil Medrese’ye taşınmıştır. 1972 yılında Kültürpark içerisinde modern binanın yapılmasıyla müzenin arkeoloji seksiyonu buraya taşınmıştır. Son yıllarda müze teşhirinde yeni bir düzenlemeye ihtiyaç duyulmuş ve bu anlayışla yapılan onarım ve düzenleme çalışmaları sonrası 2013 yılında ziyarete açılmıştır.

   Bursa bulunduğu coğrafi konum bakımından Anadolu yarımadasının kuzeybatısında; Asya ile Avrupa’nın etkileşim alanındaki zengin coğrafyasıyla tarih öncesi çağlardan günümüze kadar önemini korumuş; Prehistorik yerleşimlerinin yanında, Antik Çağda Bithynia ve Mysia Bölgelerinin önemli merkezlerinden olmuştur. Bursa Müzesi 60 bini geçen eser sayısıyla ülkemizin zengin koleksiyona sahip müzeleri arasındadır.

   Bursa Arkeoloji Müzesi’nde Orta Miyosen Dönemden Doğu Roma Dönemi sonlarına kadar Bursa ve çevresinde yapılan kazılarda ve araştırmalarda bulunmuş eserler ile, satın alma, bağış, müsadere ve devir yoluyla Müzemiz koleksiyonuna kazandırılmış olan eserler sergilenmektedir.

   Salon I (Miyosen Dönem-Frig Krallığı): Mustafakemalpaşa ilçesi sınırlarında Orta Miyosen Döneme ait Paşalar Fosil Yatağı buluntuları, Orta Paleolitik Çağa tarihlenen Şahinkaya mağarası buluntuları, Bursa ve çevresinde yapılan kazı çalışmalarında özellikle Aktopraklık Höyük kazılarında ele geçen Neolitik Çağdan Kalkolitik Çağa kadar eserler, Tunç Çağı eserleri ile Asur Ticaret Kolonileri Çağı, Hitit Uygarlığı, Transkafkas Kültürü, Urartu Krallığı,  Phyrg Krallığı ve Protogeometrik Döneme ait eserler sergilenmektedir. Ayrıca Aktopraklık Höyük kazılarında açığa çıkarılan 30 yaşlarında bir kadına ait iskelet, mezar buluntuları ile masa vitrininde sergilenmektedir. Yine aynı salonda Aktopraklık Höyüğün bir maketi bulunmaktadır. Salonda mevcut 6 adet niş vitrininde ise ait olduğu dönemlerin sembolü haline gelmiş eserler sergilenmiştir.

   Taş Eserler Salonu: Müzemiz koleksiyonundaki mermer ve taş eserler ile Mustafakemalpaşa ilçesi sınırları içerisinde yer alan Miletepolis Antik Kenti’nde bulunan Roma Döenmine ait bronz Apollon Heykeli ile bronz Athena Büstü; mermer portrelerin çevrelediği megara planlı odacıkta sergilenmektedir. Mezar Stelleri, heykeller, lahit parçaları, ostatekler ve frizler sergilenen eser gruplarındandır.

   Salon II [Arkaik Çağ-Doğu Roma(Bizans)Dönemi]: Bu salonda öncelikle Bursa ve çevresi olmak üzere Arkaik Çağdan Doğu Roma Dönemi sonuna kadar müzemiz koleksiyonunda yer alan eserler kronolojik olarak sergilenmektedir. Özellikte Antandros Antik Kenti Arkaik ve Klasik Çağ buluntuları, Miletopolis Antik Kenti kazı buluntuları, Ahmetler Nekropolü ve Bursa Tümülüsü Hellenistik Dönem buluntuları kronolojik olarak vitrinlerde teshir edilmiştir. Ayrıca Roma Dönemi cam eserleri ile yağ kandilleri de bu salonda sergilenmektedir. Madeni eserler, mühürler, süs eşyaları, oyuncaklar, tıbbi aletler masa vitrinlerinde sergilenen eserler arasındadır. Aynı salonda yer alan asma katta ise sikke seksiyonu bulunmaktadır.

    Üç Pınar Tümülüsü Araba Buluntuları Salonu: 1988 Yılında Bursa ve Balıkesir Müzesi ortaklığıyla gerçekleştirilen kurtarma kazısında ortaya çıkan M.Ö. 6.yüzyıla tarihlenen Akhamenidler Dönemine ait Tümülüs aslına uygun rekonstrüksüyonu yapılarak içindeki buluntularla birlikte sergilenmektedir. Tekerlek parçaları ve at koşum takımlarından oluşan buluntular mezar odasının girişi önünde insitu halde bulunmuştur. Buluntulardan yola çıkılarak yapılmış olan o döneme ait bir savaş arabası rekonstrüksüyonu ve Greko-Pers stilde yapılmış M.Ö.545-333 tarihleri arasında tüm Anadolu’ya yayılan, Daskyleion’da Satraplık Merkezinde bulunan Pers Egemenliği Dönemine ait, ikisi mülaj olan toplam üç adet mezar steli yine bu salonda sergilenmektedir.